Nas terras deste concelho existem vestígios de Mértola ter sido um entreposto comercial importante na época dos Fenícios, Cartagineses, Romanos e Árabes, devido à existência de via fluvial e terrestre com ligação ao Sul da península.

A toponímia seria Myrtilis, na época romana, passando a ser posteriormente Mértola.

Os Árabes deixaram uma fortaleza, posteriormente ocupada pelos cristãos, e uma mesquita, que veio a ser transformada em igreja paroquial da sede do concelho. Em 1238, D. Sacho II conquista Mértola aos mouros, doando a vila à Ordem de Santiago para esta a repovoar.  

No século XIII, iniciou-se o povoamento definitivo destas terras, facto comprovado pelos achados arqueológicos dessa época. Em Alcaria Longa existem diversos testemunhos da presença de comunidades pastoris. Recebeu novo foral em 1512, por D. Manuel. No século XIX e ainda no século XX, a economia de Mértola dependia muito da exploração das minas de S. Domingos, que se transformaram num grande centro de extracção de pirite cúprica.

A nível do património arquitectónico, são de realçar o Campo Arqueológico de Mértola, que apresenta um vasto programa museológico, sendo Mértola considerada uma vila-museu com diferentes áreas de intervenção e investigação, organizadas em três núcleos: o Núcleo Romano, o Núcleo Visigótico, que inclui uma basílica cristã, e o Núcleo Islâmico, onde se pode ver uma das melhores colecções portuguesas de arte islâmica (cerâmica, numismática e joalharia). De destaque ainda é o Castelo de Mértola, medieval, que culmina no morro com duas torres - a torre de menagem, que foi construída em 1292 pelo primeiro Mestre da Ordem de Santiago. Existem alguns torreões amparando muralhas, em grande parte obra de mouros, mas com muita silharia romana. Referência também para a Igreja de Nossa Senhora da Anunciação, matriz de Mértola, dos séculos XI-XIII e que sofreu alterações no século XVI, em estilo manuelino e renascentista. Destaca-se ainda o Santuário de Nossa Senhora de Aracelis ou Araceles e o património mineiro, como o porto de escoamento do Pomarão, o bairro dos mineiros e as suas infra-estruturas, que constituem marcos importantes da época de exploração mineira.